La toilette di un aereo funziona in modo molto diverso da una normale toilette. Ogni water ha due valvole. Una valvola dell'acqua e la valvola di scarico. La valvola dell'acqua fornisce acqua dal serbatoio dell'acqua potabile per lo scarico della toilette e la valvola di scarico scarica lo scarico. Quando si preme il pulsante dello sciacquone nella toilette, l'unità di controllo dello sciacquone apre sia la valvola dell'acqua che quella dello sciacquone, consentendo all'acqua di fuoriuscire dalla tazza del water in un serbatoio di scarico.

A livello del suolo, la pressione di lavaggio è fornita da un generatore di vuoto. Questo generatore è alimentato elettricamente ed è collegato al serbatoio di scarico tramite una tubazione. Ogni volta che si preme il pulsante dello sciacquone, il generatore di vuoto entra in funzione, creando un vuoto nel serbatoio dei rifiuti, che consente al contenuto dei rifiuti delle toilette di cadere nel serbatoio. Quando si è in aria e al di sopra di una certa altitudine, la differenza di pressione tra la cabina e l'atmosfera è sufficiente per trascinare i rifiuti dalla tazza del gabinetto nel serbatoio dei rifiuti. Il generatore di vuoto non è quindi più necessario.

In alcuni velivoli più vecchi e più piccoli, la toilette è del tipo a ricircolo. In questo tipo di sistema di toilette non esiste un serbatoio di scarico. Viene invece utilizzato un serbatoio di raccolta con una soluzione di lavaggio. Questo fluido di risciacquo contiene disinfettanti che conferiscono all'acqua un colore blu. Nel serbatoio di raccolta sono presenti una pompa e un filtro. Il servizio di una toilette a ricircolo è simile a una toilette aspirante. L'unica differenza è che una volta che il serbatoio di raccolta è stato svuotato, deve essere riempito o ricaricato con nuovo fluido di lavaggio poiché richiede questo liquido per il lavoro di lavaggio.

A volte, questi tipi di servizi igienici possono perdere. Ciò si verifica principalmente a causa di una manutenzione impropria della toilette o di guasti ai componenti. In volo, l'eventuale acqua di scarico del sistema di toilette può congelare, lasciando una linea di liquido di lavaggio congelato sulla fusoliera dell'aereo. La soluzione congelata può persino cadere dall'aereo. Come se la toilette fosse pulita con disinfettante blu, il ghiaccio che si forma può essere blu. Questo è talvolta chiamato ghiaccio blu.